| 開催日 | 2024年2月26日(月) |
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| 開催地 | Web |
☆ナノポアシークエンサーデータ解析の基礎から応用に至るまで！
☆ゲノムアセンブリやプラスミドシークエンス等の重要なキーワードと共に、
入門講座として、各種事例と共にポイントをご紹介いたします！
【テーマ名】
“実践”バイオインフォマティクス・データ解析の上手な進め方入門セミナー2024
～ナノポアシークエンスデータ解析を中心として～
【講師】
慶應義塾大学
先端生命科学研究所 所長
政策・メディア研究科 教授
博士（政策・メディア）
荒川和晴 先生
【経歴】
慶應義塾大学先端生命科学研究所所長、同大学院政策・メディア研究科教授、同環境情報学部教授。自然科学研究機構 生命創成探究センター客員教授。国立研究開発法人 理化学研究所 客員主管研究員。
2006年慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科修了。博士（政策・メディア）。日本学術振興会特別研究員 (PD)、慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科特別研究助手、同特任講師、同特任准教授、環境情報学部准教授を経て，2022 年より現職。 2023年より所長就任。
月山と日本海に抱かれた豊かな食文化の街鶴岡で、《最強生物》クマムシ乾眠を通じて物質-生命の境界を探究し、《最強素材》クモ糸高機能発現メカニズムの解析から情報-生命の連関を研究すると共に、次世代バイオマテリアルの実用化に向けた産学連携を推進している。
【専門および得意な分野・研究】
・バイオインフォマティクス
・システム生物学
・オミクス科学
・ゲノミクス
・メタボロミクス
・バイオマテリアル
・極限環境耐性
【本テーマ関連学協会での活動】
・国際計算生物学会 (International Society for Computational Biology)
・日本バイオインフォマティクス学会
・日本分子生物学会
・ナノポア現場の会
・オープンバイオ研究会
【日時(オンライン配信)】
2024年2月26日（月）13:00-17:00
【受講料】
●見逃し視聴なし：1名41,800円(税込（消費税10％）、資料付)
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき30,800円
●見逃し視聴あり：1名47,300円(税込（消費税10％）、資料付)
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき36,300円
※詳細な内容やお申込み要領等は、下段「セミナーホームページを見る」をご参照ください。
【セミナーの内容】
■講座のポイント
ナノポアシークエンサーは、膜タンパクを通過するDNAの電気シグナルの変化によって塩基配列を読み解く第三世代のシークエンサーであり、1. 手に乗るほど小型で安価であること、2. DNAだけでなくRNAも直接読め、さらに修飾塩基も決定できること、3. 読める長さに制限がなく、数百kbpのDNAが読み取れること、などのユニークな特徴を持つ。当初懸念された精度も近年では99～99.9%程度に向上している。一方、そのデータ解析はこれら特徴からIlluminaなどのシークエンサーとは異なる側面もあるため、本講義では事例と共に、ゲノムアセンブリーやプラスミドシークエンスなどを実践的に解説し、ナノポアシークエンサーデータのデータ解析の基本から応用までを紹介する。
■受講後、習得できること
・ナノポアシークエンスデータ解析の環境構築
・シークエンスデータの前処理・クオリティコントロール方法
・バクテリアゲノムのアセンブリーとアノテーション
・真核生物（非脊椎動物）ゲノムのアセンブリーとアノテーション
・プラスミドシークエンシングの実験手法と解析手法
■本テーマ関連法規・ガイドラインなど
・人を対象とする生命科学・医学系研究に関する倫理指針（厚生労働省）
ただし、本講義ではヒトのデータは扱わないので、各自扱う場合のみ。
■講演中のキーワード
・ナノポアシークエンサー
・ゲノムアセンブリー
・ロングリード
・バクテリアゲノム
・プラスミドシークエンシング
■プログラム項目(予定)
1. 事例紹介
1.1 ナノポアシークエンスによるクモ糸タンパクの解析及び人工タンパク素材設計
・野外採取のクモ1000種の解析や、Direct RNA-Seqを含む、長鎖リピート配列で構成されるクモ糸遺伝子の全長配列をナノポアロングリードによって解析した例を取り上げます。
1.2 ナノポアシークエンスによる超微量DNAからの極限環境耐性生物クマムシゲノムの解析
・体長2-300μmの微小動物クマムシから抽出できる超微量DNA (1個体あたり50pg程度) の野外サンプルからDroplet-MDA法によって全ゲノム決定をした例を取り上げます。
・クマムシ内で働く遺伝子発現ベクターTardiVecと、これを日常的に大量に作成する際にプラスミド全長シークエンスをナノポアシークエンサーで行う事例についても紹介します。
2. 実践的講義
2.1 ナノポアシークエンスデータ環境整備と前処理
・必要なコンピュータ・ソフトウェア環境
・ベースコール・フィルタリング・クオリティコントロール
2.2 微生物ゲノムシークエンスとアセンブリー・アノテーション (数Mbpを想定)
・ゲノム抽出・ライブラリ作成（簡単に）
・フィルタリング・アセンブリー・ポリッシング
・遺伝子予測とアノテーション
2.3 動物ゲノムシークエンスとアセンブリー・アノテーション （数百Mbp～数Gbpを想定）
・ゲノム抽出・ライブラリ作成（簡単に）
・フィルタリング・アセンブリー・ポリッシング
・遺伝子予測とアノテーション
2.4 サンガーシークエンスを代替するナノポアシークエンスによるプラスミドシークエンシング
・シークエンス手順
・データ解析手順
3. 質疑応答
